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1965（昭和40）年11月17日に第1回新人選手選択会議（通称・ドラフト会議）が開催された。ドラフト制度導入のきっかけは契約金の高騰だった。実は米大リーグも同じくこの年からドラフトが始まり、完全ウェーバー制（下位チームから指名）で行われたが、日本のドラフトで完全ウェーバー制で行われたことはない。
第1回ドラフト会議の指名方法は「希望選手名簿提出制度」。簡単にいえば獲得希望選手のリストを提出して1位が重複した場合は抽選。2位以下はウェーバーという現行のドラフトに近い形。ただし、最初はどの球団も手探りで、各球団重複を警戒したせいか、本来は1位指名が予想された木樽正明（銚子商→東京）、広野功（慶大→中日）あたりが2位以下の指名となった。
総体的に昭和40年代は高校生が中心。特に甲子園のスターに主だった。実際に最初の2年間で3球団以上競合した3人中2人は高校生（江夏と広島に入団した西本明和）。1970年は「高校三羽烏」の島本講平（箕島→南海）、湯口敏彦（岐阜短大付→巨人）、佐伯和司（広陵→広島）、74年は「高校四天王」の定岡正二（鹿児島実→巨人）、土屋正勝（銚子商→中日）、永川英植（横浜高→大洋）、工藤一彦（土浦日大→阪神）がドラフトの目玉で、他でも甲子園のアイドル太田幸司、さらに「怪物」江川卓なども1位指名されている。
この中で着々とドラフトで戦力を強化したのが阪急と広島。「史上空前の大豊作」といわれた1968年の第4回ドラフトで阪急は山田久志（富士鉄釜石）、加藤秀司（松下電器）、福本豊（松下電器）、広島は山本浩司（法大）、水沼四郎（中大）を獲得。昭和50年代の黄金時代の礎を築いている。
一方、空回りしたのが巨人。68年ドラフトでは田淵も星野仙一（明大→中日）も獲得できず、1970年1位指名の「高校三羽烏」湯口敏彦は73年オフに変死。そして73年は1〜3位指名選手が入団拒否と、68年以降は戦力の上積みが乏しく、後の低迷の一因となる。
ドラフト会議の導入で戦力の均衡化が図れたことは間違いない。その証拠に、2リーグ制分裂後の巨人を見ると、1950〜74年の25年間は日本一15回、リーグ優勝19回を占めていたのに対し、1975〜2015年の40年間では日本一6回、リーグ優勝17回とペースダウンしている。
1978年より、11年続いた「指名順抽選方式」から「入札制度」に変更となる。これは各球団の獲得希望選手（1位指名選手）を入札し、重複した場合はくじ引きで決めるというもの。
新たに始まった「入札制度」。「人生をくじ引きで決めるとは不謹慎だ」という声もあったくじ引きだが、ファンから見れば最もスリリングな指名方式であり、また数々のドラマを生んだ。このドラマを演出したのが当時パ・リーグ広報部長だった伊東一雄（通称・パンチョ伊東）。ドラフト会議の司会を務め、指名選手の読み上げはドラフト名物だった。
さて、この時代の指名トレンドは従来の高校生スターから即戦力の大学生・社会人へシフトした感がある。実際に1978年江川、森繁和（住友金属→西武）、79年岡田彰布（早大→阪神）、80年原辰徳（東海大→巨人）と、1位指名選手で4球団以上重複したケースも大学生・社会人が大半で、史上最多の8球団が重複した1989年野茂英雄（新日鉄堺→近鉄）、90年小池秀郎（亜大→ロッテが交渉権を獲得するも入団拒否）も共に大学生・社会人だった。
1970年代後半からドラフトで絶大なる存在感を誇ったのが西武。「球界の寝業師」根本陸夫管理部長の暗躍で新興球団を常勝球団まで引き上げた。
1978年にドラフト外で松沼博久（東京ガス）、松沼雅之（東洋大）兄弟獲得、伊東勤を熊本工から所沢高定時制に転校させて球団職員として囲い込み（82年ドラフト1位）、社会人入りを表明していた工藤公康（名古屋電気）を強行指名（81年ドラフト6位）するなど辣腕ぶりを発揮。裏技を駆使して獲得した前述の4人は西武黄金時代に一役買っただけに、根本の眼は確かだった。
運任せのくじ引きは12球団に平等な制度である。しかし、資金力のあるチームとしては平等であることが面白くない。そんな中で、1993年から導入されたのが「逆指名制度」。ドラフト史上最大の改革である。大学生・社会人は1球団2人まで希望選手を獲得することができる制度で、この制度の導入はドラフト制度の形骸化を意味していた。ただし、高校生については逆指名の導入は見送られ、従来通りのくじ引きとなった。
今までドラフト会議で苦渋を舐めた巨人にとって大歓迎の制度改革であり、これで巨人がドラフトの主役に躍り出た……かと思いきや、そうはならなかった。逆指名をフル活用したのはダイエーだった。実は逆指名制度導入元年の1993年に西武で辣腕を振るった根本管理部長が監督としてダイエーに入団。早くも逆指名で投打の大学ナンバーワンの渡辺秀一（神奈川大）、小久保裕紀（青山学院大）を獲得。その後も井口忠仁（青学大）、松中信彦（新日鉄君津）などの入団に漕ぎ着け、「球界の寝業師」としての存在感を見せ付けた。
逆指名制度は新人選手の契約金は上限1億円＋出来高5000万円とされていた。しかし、実際は表向きの話だった。2004年にドラフトの目玉となる一場靖弘（明大）に自由枠獲得を目指した巨人、横浜、阪神が裏金を渡していたことが発覚。3球団のオーナーが責任を取って辞任するという大騒動となった（一場は裏金とは関係ない楽天に入団）。
この影響で2005年から希望入団枠と名称が変わり、枠は各球団1名となる。
しかし、2007年には西武と横浜が獲得した新人選手の契約金が上限の1億円を大きく超えていることが発覚（後に巨人も逆指名の新人選手に多額の契約金を支払っていたことが判明）。さらに西武はアマチュア選手に裏金を渡していたことも発覚。ようやく逆指名制度が不正の温床になるという認識に至り、名称を変えながらも14年間続いた逆指名制度は06年限りで撤廃。07年からは78〜92年に行われた入札制度に戻り、現在に至っている。
近年の指名選手の傾向は各チームさまざまである。資金力のあるソフトバンク、巨人はスター選手、即戦力を獲得する流れは逆指名制度時代から変わっていない。逆に広島、ヤクルトは高卒ルーキーや無名の選手を獲得して鍛え上げるスタンスが主である。
一方、近年評価が高く、毎年指名選手がファンから注目を集めるのが日本ハムである。山田正雄元GMが示した日本ハムのドラフトコンセプトは「その年の一番いい選手を1位指名」。過去にダルビッシュ有（東北）、中田翔（大阪桐蔭）、菅野智之（東海大）、大谷翔平（花巻東）などの実力派を1位指名している。
